Das Königreich Thornwood ist in Gefahr: Jessa, die Prinzessin, und Mortred, ein Ritter vom Hof, sind spurlos verschwunden. Schnell muss jemand gefunden werden, der die beiden sucht, da kommt niemand anderes in Frage, als Mortreds Sohn. Bevor es jedoch so weit ist, taucht aus heiterem Himmel plötzlich eine dunkle Gestalt im Schloss des Königs auf, die sich als Dark Sol ausgibt und für das Leben der Prinzessin ein Lösegeld verlangt: das gesamte Königreich! Nach der Klärung der Lage durch Dark Sol wird unser Held in ein Labyrinth entsandt, in dem Dark Sols Versteck und somit auch die Prinzessin vermutet werden. Nach einiger Zeit schließen sich dann Milo der Priester und Pyra die Zauberin an. Gemeinsam könnten sie es schaffen Dark Sol zu vernichten.

Shining In The Darkness ist leicht zu spielen. Im Dungeon, der über mehrere Ebenen verfügt, kämpft ihr euch in der Ich-Perspektive durch. Wenn ihr auf Monster trefft habt ihr die Auswahl zwischen kämpfen, verschiedenen Magien, Items oder der Flucht. Nach jedem erfolgreichem Kampf erhaltet ihr Geld und Erfahrungspunkte. Das erste bringt man in den Städten unter die Leute und für die Erfahrungspunkte bekommt jede Figur bei einer bestimmten Anzahl einen höheren Level. Hier gibt es dann mehr Trefferpunkte, Magiepunkte, Angriffspunkte, Verteidigungspunkte ... bis hin zu einer neuen Magie. Wenn euer Held getötet wird erscheint nicht etwa der Game Over Bildschirm sondern ihr findet euch in der Kirche wieder. Eure Erfahrungspunkte bleiben euch dabei erhalten aber das Geld wird um die Hälfte halbiert. Eine Karte gibt es nicht aber einen Zauberspruch der euch einen Teil des Dungeons offenbart. Wem das zu wenig ist der sollte zu Papier und Bleistift greifen. Solltet ihr euch zu sehr verlaufen oder zu geschwächt sein könnt ihr mithilfe des Egresszaubers aus dem Dungeon wieder in die Stadt fliehen.

In der Stadt kann man wichtige Besorgungen machen: Im Waffenladen bekommt man gute Waffen, der Trödler (späterer Zeitpunkt) hat neben Waffen auch noch eine Schmiede und man kann sich nette Waffen schmieden lassen, jedoch benötigt man hierfür Erze, die in den Dungeons gefunden werden können. Im Rüstungsladen gibt es Harnische, Helme, Schilde und Handschuhe - eben alles für die Verteidigung im Kampf. Leider wird beim kaufen vom Waffen und Rüstungen nicht angezeigt inwieweit sich die Werte verändern. Man weiß also erst nach dem Kauf ob sich die Waffe oder das Rüstungsteil lohnt. In der Taverne kann man mit allerlei Leuten reden und neue Gerüchte erfahren. Natürlich kann man dort auch übernachten. Dabei werden HP und MP wieder aufgefüllt. Der Alchemist verkauft nützliche Kräuter gegen Vergiftungen, Lähmungen oder um die HP wieder aufzufüllen. Auch manche seltene Gegenstände können dort erworben werden. Schließlich kann man in der Kirche noch erfahren wie viel Erfahrungspunkte man für die nächste Stufe benötigt, man kann Speichern und im Kampf gestorbene Verbündete zurück ins Leben rufen.