Slade der Dieb, stiehlt in einer stürmischen Nacht aus einem Schrein zwei uralte Juwelen. Diese Juwelen verbannten einst den mächtigen Zeon, den Herrscher der Teufel, in eine andere Dimension. In dieser Nacht wird der Herrscher des Königreiches Granseal schwer krank. Am nächsten Tag bekommt der junge Schwertkämpfer Bowie zusammen mit seinem Lehrmeister und ein paar Schulfreunden den Auftrag, dem Leiden des Herrschers auf den Grund zu gehen. Sie ahnen noch nicht das dieser Tag ihr Leben verändern wird. Nicht nur das es auf einmal von Monstern, Teufeln und Verrätern wimmelt. Sie müssen auch noch ihr geliebtes Land verlassen um am Ende die Welt vor einer großen Bedrohung zu retten.

Die Menüführung, die sowohl alltägliche Geschäfte und Handel, die Kämpfe und die Gruppenaufstellung steuerte, wurde beibehalten und sogar noch verbessert. Musste man im ersten Teil noch umständlich das Menü öffnen und Talk auswählen um mit einer Person zu sprechen braucht man nun nur auf den richtigen Knopf zu drücken. Natürlich kann die Truppe in diesem Menü auch ausgerüstet werden, Gegenstände tauschen und man kann sich über den Status der jeweiligen Truppenmitglieder informieren.

Eine Verbesserung erfuhr Shining Force II auch im Beförderungssystem. Analog zum Vorgänger können Charaktere, die das 20. Level erreicht haben, bei einem beliebigen Priester befördert werden. So wird aus dem Hauptcharakter Bowie, der zu Beginn noch ein Schwertkämpfer (SDMN) ist, nach der Beförderung ein Held (HERO). Bei Shining Force II gibt es insgesamt sechs Spezialgegenstände, die eine noch bessere Beförderung ermöglichen und damit den betreffenden Charakter noch stärker machen und ihm bessere Zauber und Angriffe ermöglichen. Neben der Beförderung kann man beim Priester auch speichern, Gifte und Krankheiten heilen lassen oder auch Flüche entfernen lassen. Als wichtigste Eigenschaft beherrscht der Priester den Zauber der Wiederbelebung, was er jedoch mit je 10 Goldstücken für jedes Level des gefallenen Gruppenmitglieds in Rechnung stellt.

Auch das Kampfsystem vom ersten Teil ist wieder mit von der Partie. Während man also über die Welt- oder eine Stadtkarte läuft, startet die Kampfhandlung, wobei meist ein kurzes Intro zu sehen ist, worin erklärt wird warum und gegen wen man kämpft. Gekämpft wird rundenbasiert, wobei jede Spielfigur, Partymitglied oder Monster, sich nur in einem bestimmten Radius bewegen kann. Während eines Kampfes stehen einem folgende Möglichkeiten zur Verfügung: Angreifen, Heilen, Items nutzen oder die Egress-Magie, die nur Bowie wirken kann. Durch diese wird man in die nächstgelegene Stadt teleportiert. Dies ist vor allem dann nützlich, wenn man den Kampf nicht mehr gewinnen kann und unnötige Verluste vermeiden will. Beim Kampf ist kluges taktieren und Berechnung der Schlüssel zum Erfolg und es empfiehlt sich, ähnlich wie beim Schach, immer ein paar Züge vorauszudenken und versuchen zu erahnen, was der Gegner vorhat. Nur wer mit einer ausgewogenen Gruppe, einer Ahnung davon wie die Gruppe einzusetzen ist und einem Plan in eine Schlacht geht, wird Erfolg haben. Stirbt der Held Bowie, wird der Kampf beendet und die Shining Force wird in die zuletzt besuchte Stadt teleportiert und verliert 50% ihres Goldvorrates.