Final Fantasy VI erschien 1994 und markiert den Abschluss der Spielsaga auf dem SNES. Da der Vorgänger, Final Fantasy V, nicht außerhalb Europas erschien beschloss man dem Spiel den Namen Final Fantasy III zu geben. Bei späteren Remakes behielt man aber die Original Nummerierung bei. Das Spiel wartete damals mit einer sensationellen Story auf, die auch schwere Themen wie Genozid, Selbstmord und Aufopferung behandelte. Leider ist das Spiel mal wieder nur zensiert in Amerika erschienen, da einige Sachen den Amerikanern zu anstößig waren und Nintendo seinen Ruf als familienfreundlich gerecht werden musste. Auch gab es bei der Übersetzung Platzmangel so das man die Dialoge teilweise kürzen musste. Trotzdem erwies sich Final Fantasy VI auch in Amerika als Kassenschlager.

Seit dem Krieg der Magi sind nun 1000 Jahre vergangen. Zivilisationen wurden mit Stahl, Maschinerien und Technologie wieder aufgebaut. Seit Jahren existierten die magischen Esper nur in Legenden. Nun wurde eine Esper entdeckt und die Mächte der Magie erwachen zu neuen Leben. Das Risiko eines neuen, noch verheerenderen Krieges wächst von Tag zu Tag.

In dieser Zeit wird eine fremde Söldnerin des Imperiums ausgesandt um diese Esper zu untersuchen. Nachdem sie erkennt das sie missbraucht wurden ist, schließt sie sich einer Rebellengruppe an um von nun an gegen das Imperium zu kämpfen. Es wird nichts mehr sein so wie es war. Schlachten werden geschlagen, Freunde wird man verlieren und die Welt wird untergehen um wieder neu aufzuerstehen...

Final Fantasy VI spielt sich hinsichtlich der Oberwelt, und der Städte wie seine Vorgänger. In den Städten wird eingekauft, mit den Leuten gesprochen und die Story voran getrieben. Es können auch Sidequests gemacht werden. Auf der Oberwelt und in den Dungeons wird per Zufallskampf gekämpft. Auf das Aufleveln darf und kann nicht verzichtet werden.

Auch das beliebte ATB (Activ Time Battle) System ist wieder mit dabei. Während der Kämpfe wird die Zeit die ein Charakter bis zum nächsten Zug warten muss in einer Zeitleiste dargestellt. Ist diese Leiste gefüllt kann er mit verschiedenen Befehlen agieren. Er kann kämpfen, seine verschiedenen Spezialfähigkeiten einsetzen, im Inventar kramen oder versuchen zu fliehen. Nach jedem Kampf erhält er Erfahrungspunkte und steigt bei einer bestimmten Anzahl davon ein Level was sich durch bessere Statuswerte bemerkbar macht.

Anders als in den vorhergehenden Final Fantasy Teilen ist das erlernen der Magie an die Esper gekoppelt. Jeder Charakter kann sich mit einer Esper ausrüsten. Jede Esper lernt einem Charakter Zaubersprüche. Dazu erhält man nach jedem Kampf Magiepunkte. Sind eine bestimmte Anzahl davon erreicht wird der Zauber erlernt. Wenn er sie erlernt hat kann er sich mit einer anderen Esper ausrüsten. Die erlernte Magie behält er. Auch verändern die Esper eure Statuswerte.